為了使食用菌達到高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、抗逆性強、適應(yīng)性強以及滿足某些特殊要求的育種目的，在食用菌育種中，人們采取了包括選擇育種、誘變育種及雜交育種等常規(guī)手段，以及采用原生質(zhì)體技術(shù)，分子生物學技術(shù)等新的育種手段。

　　1、選擇育種  選擇育種是目前獲得新菌種的一種最常用的方法，其實質(zhì)是廣泛搜集品種資源，積累和利用在自然條件下發(fā)生的有益變異。這樣通過長期的去劣存優(yōu)的選擇作用，不斷淘汰那些不符合人類需要的菌株，保留那些符合人類需要的菌株，就可逐步形成符合人類需要的新的菌株。食用菌多是以菌絲的營養(yǎng)繁殖為主要繁殖方式，一個種的性狀是通過菌絲體的繁衍來維持和逐代傳遞的，所以選擇應(yīng)側(cè)重于在不同菌株間進行而不是在同一菌株的后代中進行。此外由于人工選擇不能改變個體的基因型，而只是積累并利用自然條件下發(fā)生的有益變異。所以要使選擇育種產(chǎn)生效果，除了細心觀察現(xiàn)有品種中產(chǎn)生了明顯有益變異個體外，更主要的是要廣泛收集不同地域、不同生態(tài)型的菌株，以便從大量菌株中去粗取精、棄劣留優(yōu)，篩選到適合人們需要的菌株。

　　從自然界現(xiàn)有菌株中選擇培育新品種大體包括如下步驟：品種資源的收集→純種分離→生理性能的測定→菌株比較試驗→擴大試驗→示范推廣。目前我國有許多優(yōu)良品種均是由此方法獲得的。如 “北京猴頭菌1號”新菌株，具有轉(zhuǎn)潮快、朵大、肉實等優(yōu)點；耐低溫型草菇菌株“V20”，子實體分化發(fā)育溫度比一般草菇低3～4℃，對外界適應(yīng)性強，日平均氣溫22℃子實體能正常分化發(fā)育。使草菇的栽培范圍擴大，延長種植季節(jié)，提高經(jīng)濟效益； “開化木耳”，現(xiàn)已成為浙江、安徽、江西，湖北等地區(qū)的黑木耳主栽品種。

　　2、誘變育種  誘變育種是利用物理或化學誘變因子誘發(fā)食用菌遺傳性變異，通過對突變體的選擇和鑒定培育新品種的方法。

　　誘變育種大體包括如下步驟：出發(fā)菌株→制備孢子懸浮液→誘變處理→涂布培養(yǎng)皿→挑菌移植→斜面?zhèn)鞔囼?、示范、推廣。